A dupla, que deverá representar a Irlanda nos Jogos Olímpicos de Paris em julho, partilha a liderança a quatro mãos após a segunda volta de pancadas alternadas de sexta-feira.
Depois de terem batido 62 pancadas na primeira volta de quatro bolas (melhor bola), McIlroy e Lowry jogaram 70 abaixo do par em condições de vento difíceis no TPC Louisiana. As duplas americanas Davis Thompson e Andrew Novak e Ryan Brehm e Mark Hubbard, juntamente com a equipa anglo-americana Aaron Rai e David Lipsky, também estavam em 131.º lugar após as duas primeiras voltas.
Jogando primeiro os últimos nove buracos, o par irlandês chegou à volta a um abaixo antes de fazer um bogey no par 3 do terceiro buraco, mas recuperou no final da volta com birdies no sétimo e no oitavo.
McIlroy disse que a dupla conseguiu tirar o melhor partido das capacidades um do outro.
"O Shane tem um jogo curto maravilhoso e isso dá-me confiança para ir para os greens, quer seja nos par-4 ou nos par-5, pois se eu acertar em qualquer sítio à volta do green, vou ter uma boa oportunidade para fazer birdie depois de ele acertar no dele", disse McIlroy.
Rai disse que ele e Lipsky tinham adotado uma abordagem cautelosa devido às condições, esperando poder tirar o máximo partido da melhor volta de bola no sábado.
"Acho que fomos definitivamente um pouco mais conservadores e acho que as condições contribuíram para isso em algumas posições difíceis dos pinos, mas batemos algumas boas tacadas", explicou após a ronda de 70 abaixo de zero de sexta-feira.
"Alguns up-and-downs muito bons. O Dave fez alguns putts fantásticos para manter o ritmo. Por isso, mantivemo-nos muito bem hoje e demos algumas tacadas boas quando precisámos. Acho que qualquer coisa abaixo do par hoje é um resultado muito bom", concluiu.
"Acho que amanhã vai depender um pouco das condições", disse Lipsky: "É suposto estar um pouco ventoso, mas o four-ball é o dia em que se recupera terreno, se faz uma tonelada de birdies e se tenta dar a si próprio um pouco de margem de manobra. Penso que é esse o nosso principal objetivo".
A dupla americana formada por Patrick Cantlay e Xander Schauffele parecia poder juntar-se ao quarteto no topo da tabela de classificação, mas teve de se contentar em ficar a uma pancada da liderança depois de ter feito bogey no 18º buraco.